過濾效率是實驗室高效過濾器最重要的技術參數之一，也是衡量過濾器性能的主要指標。過濾效率是指在規定的測試條件下，過濾器對特定粒徑的顆粒物的過濾能力。一般來說，高效過濾器的過濾效率應達到99.95以上，對0.3μm以上的顆粒物過濾效率應不低于99.995%。
高效過濾器的更換周期應根據實際情況而定，一般建議在以下情況下進行更換：
1、過濾器使用時間超過設計壽命；
2、過濾器經過多次清潔和維護后仍無法恢復性能；
3、過濾器損壞嚴重或無法修補；
4、壓差達到或超過設計值；
5、經過檢測發現過濾器性能下降。
各個高效過濾器的阻力差別會影響風量平衡和氣流均勻，安裝時應將阻力過高或過低的個別空氣過濾器剔除，將阻力大小相近的空氣過濾器安排在同一房間中，同一房間中不同阻力的空氣過濾器也宜均勻分散位置。
對于運行中的潔凈室，末端高效過濾器的價值并不高，全部加起來可能還不到用戶幾個小時的產值，但更換末端高效過濾器的風險和間接費用會很高。更換過濾器時要停產，停產損失只有業主自己能算出來，這筆損失肯定比過濾器的備件費用高。更換高效過濾器是十分仔細的操作，潔凈室內的任何東西都可能價值昂貴，破壞一個部件其損失可能高于全部過濾器的費用。更換過濾器后要由有經驗人員進行檢測，有時還要對空調系統進行調試，還要經過一段時間的試運行。檢測、調試、試運行，三項費用加到一起，可能會與過濾器價格不相上下。聰明的業主總是希望盡可能地延長高效過濾器的使用壽命，不是為了省過濾器那幾個錢，他們是想避免因更換過濾器而產生的一堆麻煩。
要延長高效過濾器的使用壽命，根本的辦法是將灰塵擋在預過濾器。更換預過濾器一般無須停產，無須調試，所以有經驗的業主會把注意力和錢花在預過濾器及保護級中級過濾器上。對于10K級和100K級潔凈廠房，預過濾選用G4、中級可選用F8過濾器（比色法95%），這樣，末端高效過濾器的使用時間會延長。在國外項目中和國內新建項目中，F8過濾器是非均勻流潔凈室常見的預過濾器。